Data for: Single-cell study of human ovarian response to phthalate exposure reveals glial cell susceptibility and disruption of adhesion and mitochondrial pathways
https://doi.org/10.48723/3vtm-jm80
Ovarievävnadsexplantat från en individ exponerades för två koncentrationer av MEHP en epidemiologiskt relevant koncentration på 20,05 nM och en 1000 gånger högre koncentration på 20,05 µM eller en DMSO-kontroll. Efter sex dagars exponering analyserades de odlade vävnadsproverna med enkelcells-RNA-sekvensering (10x Genomics).
Datasetet består av 18 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), en fil i sha256-format och en fil i xlsx-format. Datasetets totala storlek är cirka 69 GB.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Transkriptomiska data
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Analysenhet:
Population:
Proverna togs från en patient som genomgick könsbekräftande kirurgi och som rekryterades från Karolinska Universitetssjukhuset i Huddinge, Sverige
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Experimentell studie
Beskrivning av studiedesign:
Ovarian cortex tissue was exposed for six days to two MEHP concentrations an epidemiologically relevant 20.05 nM and a 1000-fold higher 20.05 µM, with complete media changes and re-exposure every 48 hours. A vehicle control (0·1% DMSO) was included. On day six, explants from one patient (donor 1, 23 years old) were dissociated into single cells for library preparation. Cultured ovarian tissue was dissociated to single cells using a combination of enzymatic and mechanic dissociation. Following dissociation, cells were counted, and viability was assessed to ensure that a high proportion of viable cells (>90% for all samples) proceeded to downstream processing. Three single-cell RNA-sequencing libraries (DMSO, 1X MEHP, 1000X MEHP) were prepared using Chromium Next GEM Single Cell 3’ Reagent Kits v3·1 (10x genomics) according to the manufacturer’s instructions.
Urvalsmetod:
Antal individer/objekt:
1
Dataformat/datastruktur:
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
KI biobank, collection "Miljökemikalier och kvinnlig fertilitet"
Typ(er) av prov:
Ovary
Datainsamling - Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
Datainsamling - Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
Insamlingsmetod:
Registerutdrag och/eller tillgång till prov i biobank
Datainsamlare:
- Karolinska Institutet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för kvinnors och barns hälsa
Medverkande:
- Cecilia Lindskog – Uppsala universitet
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2021-04563
Utförare:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2015/798-31
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
Referensnummer:
2018-02280_Formas
Projektnamn på ansökan:
Ftalater i honlig reproduktion – påverkan av blandningskomposition på farokarakterisering
Information om finansiering:
Kemisk hälsoriskbedömning bygger på utvärderingar av enskilda kemikalier, även om det är välkänt att människor utsätts för omfattande kemikalieblandningar. Experimentella studier har visat att kemikalier kan ha additiva effekter. Detta innebär att även om varje enskild kemikalie skulle vara närvarande på en nivå som enligt riskbedömningen är säker, kan de tillsammans med andra kemikalier bidra till en skadlig hälsoeffekt. Detta understryker behovet av att utveckla metoder för riskbedömning av kemikalieblandningar. Eftersom antalet möjliga kombinationer av kemikalier är astronomiskt, kan man inte experimentellt utvärdera alla blandningar. Därför är det viktigt att öka kunskapen om kombinationseffekter i allmänhet. Till exempel saknas det för närvarande information om hur variation i blandningskomposition påverkar riskbedömningen. I detta projekt kommer vi testa hur mycket variation i proportionerna av kemikalier i en blandning påverkar resultatet av riskbedömningen. Vi kommer att fokusera på ftalater, kemikalier som används som mjukgörare i plast, och deras effekter på kvinnlig reproduktion.Vi kommer att använda tre olika metoder för att definiera ftalatblandningar och sedan experimentellt karaktärisera deras effekter på kvinnlig reproduktion, som underlag för riskbedömningsprocessen. I ena metoden väljer vi ftalaterna baserad på deras statistiska koppling till nedsatt fertilitet i en populationsstudie av kvinnor, och i den andra metoden blandar vi ftalaterna baserad på deras närvaro och konsentrationer i samma kohort. I den tredje blandningen kommer vi ha ftalaterna i lika halter. Vårt fokus kommer att vara på kvinnlig reproduktion, eftersom det är ett understuderat system inom riskbedömning. Exempelvis har Världshälsoorganisationen identifierat kemikaliepåverkan på kvinnans fertilitet som ett område som kräver mera forskning.Vi kommer att kartlägga hur ftalatblandningarna påverkar kvinnans äggstockar och livmoderns slemhinna. Både äggstockarna och livmodern är centrala organ för normal reproduktionsförmåga: äggstockarna producerar äggceller och hormoner som behövs för att ett embryo kan bildas och implanteras i livmoderns slemhinna. Kemikaliepåverkan på dessa två organ är otillräckligt karaktäriserad, och nya testmetoder krävs för att kunna utvärdera huruvida enskilda kemikalier och deras blandningar utgör en risk för kvinnors fertilitet. Vårt syfte är att utröna på en molekylär nivå effekterna av ftalatblandningarna på de kvinnliga könscellernas överlevnad, utmognad och hormonsyntes samt slemhinnas receptivitet gentemot embryot med hjälp av cell- och organodlingsmodeller i laboratoriet. Med denna kunskap kan vi sedan bygga upp nya statistiska och experimentella metoder som kan tillämpas vid utvärdering av kemikaliesäkerhet. Studien är viktig eftersom den har en tydlig fokus på kvinnan. För närvarande vet vi nämligen betydligt mera om kemikaliers påverkan på mannens fertilitet jämfört med kvinnan.Infertilitet är ett påtagligt problem i dagens samhälle. Cirka 10-15 % av alla par lider av infertilitet och behöver hjälp att bli föräldrar. De befintliga behandlingsmetoderna kan bara hjälpa en del av dem. I många fall förblir anledningarna till infertilitet oförklarade. Ofrivillig barnlöshet har en betydlig negativ påverkan på livskvalitet, och utgör också en stor kostnad för samhället. Kunskap om kemikaliepåverkan på fertilitet skulle kunna öka förståelsen för ofrivillig barnlöshet, skydda utsatta grupper, och ge förutsättningar att reglera kemikalier på ett bättre sätt.
Finansiär:
Referensnummer:
2020-01621_Formas
Projektnamn på ansökan:
Singel-cell studie för detaljerad analys av toxikologiska mekanismer i kvinnans äggstockar
Information om finansiering:
Vårt övergripande syfte är att studera toxicitet av miljökemikalier i kvinnans äggstockar på nivån av enstaka celler. Genom att exponera provbitar av kvinnans äggstockar för kemikalier på odlingsskål och analysera responsen i varje cell separat, kommer vi kunna utröna kemikalieeffekten med en helt ny precision. Singel-cell analyser som detta kan vara den efterlängtade lösningen till de stora utmaningar som analys av komplexa vävnader som äggstockar har hittills inneburit.Kvinnans fertilitet är beroende av hennes äggstockar. Äggstockarna innehåller en reserv av omogna äggceller som bildas redan under fosterutvecklingen. Omogna äggceller mognar efter puberteten och möjliggör fertilitet. Till skillnad från männen som kan tillverka miljoner mogna spermier varje dag, kan en fertil kvinna tillverka bara en äggcell per månad under sina fertila år. När antalet äggceller sjunker under en viss nivå börjar klimakteriet vilket bidrar till att kvinnan inte längre kan bli en biologisk mamma. Detta gör att kvinnans fertilitet är en begränsande faktor i reproduktion.Kemikalieffekten på mannens fertilitet har väckt mycket uppmärksamhet och den försämrade kvaliteten av sädesvätskan har studerats sedan decennier. Mycket mindre fokus har riktats mot kvinnan och hennes äggceller. Fortfarande vet vi inte om exponering för miljökemikalier kan direkt skada äggstockarna och därmed kvinnans fertilitet. En anledning till den mansdominerade fokusen på fältet kan vara tillgängligheten av könsceller för studier. Mannens spermier är lätt samlade och analyserade, medan kvinnans äggceller befinner sig djupt in i kroppen inom äggstocksfolliklar i äggstockarna utan att utge några tydliga signaler av vare sig kvantitet eller kvalitet. Detta har också bidragit till att testmetoder för kemikaliers toxicitet inom äggstocken är bristande. Världshälsoorganisation bland många andra internationella organisationer har identifierat kemikaliepåverkan på kvinnans fertilitet som ett område som kräver mera forskning.Vi har en unik möjlighet att studera kvinnans fertilitet och äggstocksfolliklar med hjälp av patienter som donerar provbitar av sina äggstockar och follikelvätska till vår forskning. I våra pågående studier har vi sett många samband mellan miljökemikalieexponering, fertilitet och livskraften och funktionen av äggstocksfolliklarna. Dock har det visat sig vara väldigt svårt att utröna mekanismerna bakom effekterna på grund av vävnadens enorma komplexitet i äggstockarna. Äggstockarna består av flera olika cellpopulationer vars tillväxt och samspel är avgörande för äggcellernas mognande. Dessutom varierar cellproportionerna naturligt mellan kvinnor och under menscykeln. Därför kan molekylära förändringar i specifika celltyper lätt gå förlorade om man analyserar provbitar som har blandade cellpopulationer.Nyligen lyckades vi kartlägga alla celltyper i kvinnans äggstockar med hjälp av en ny singel-cellanalysmetod. Vi analyserade över 20,000 enstaka celler och kunde avslöja att äggstockens yta, där äggcellerna befinner sig, består av sex huvudsakliga cellsorter. Nu vill vi tillämpa denna metod för att bättre förstå kemikalieeffekterna. Med hjälp av provbitar, kontrollerad kemikalieexponering på laboratoriet och singel-cellanalysmetoden kommer vi kunna utröna de molekylära mekanismerna med oöverträffad precision. Kunskapen om molekylmekanismer är väldigt viktigt för att kunna bevisa att kemikalier orsakar toxicitet vilket i sin tur är avgörande för riskbedömning och reglering av kemikalier. Det hjälper också till med förbättring av gamla och utveckling av nya metoder för mätning av reproduktionstoxicitet på laboratoriet.Studierna är godkända av Etikprövningsmyndigheten.
Finansiär:
- European Union
Referensnummer:
101124440
Projektnamn på ansökan:
SAfeguarding female FERtility -development of human-relevant in vitro tools for reproductive toxicity
Information om finansiering:
The SAFER project develops new in vitro assays to assess reproductive toxicity in women, addressing the gap in chemical safety testing. It utilizes advanced technologies to identify harmful chemicals affecting ovarian function and aims to create animal-free screening tools
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Relationer
Relationer
Relaterad resurs:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Single-cell study of human ovarian response to phthalate exposure reveals glial cell susceptibility and disruption of adhesion and mitochondrial pathways
