Data for: Cellular origin and characterization of autoantibodies against type I IFNs in COVID-19 and APS-1

Studiepopulationen består av åtta patienter med aIFN⁺ svår covid-19, fem patienter med aIFN⁻ svår covid-19, fem patienter med APS-1 samt tio friska kontroller. Resultaten från analyserna gäller denna specifika studiepopulation.

Denna studie karakteriserade typ I IFN-reaktiva B-celler hos patienter med svår covid-19 och neutraliserande autoantikroppar mot typ I IFN (aIFN+) samt hos patienter med APS-1. Serum- eller plasmaprover analyserades med avseende på autoantikroppsreaktivitet, och typ I IFN-reaktiva B-celler isolerades med hjälp av flödescytometri. Parade analyser med enkelcells-RNA-sekvensering (scRNA-seq) och B-cellsreceptor-sekvensering (scBCR-seq) utfördes för att karakterisera B-cellstillstånd, klonalitet och differentieringsbanor. Utvalda antikroppar klonades och utvärderades experimentellt med avseende på IFN-bindning och neutraliserande aktivitet. För de mest framträdande neutraliserande antikropparna utfördes även ytterligare strukturella analyser och affinitetsanalyser.

De prover som användes för den deponerade scRNA-seq-datamängden samlades in i Sverige och Italien i enlighet med relevanta etiska godkännanden: Dnr 2020-01558, Pavia Ethics Committee approval P-20200029440 och Dnr 2023-02698-02. De italienska proverna samlades in inom ATAC-konsortiet vid Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo (Pavia, Italien) och överfördes till Karolinska Institutet enligt ett Material Transfer Agreement mellan Fondazione IRCCS Policlinico San Matteo och Karolinska Institutet. Det godkända italienska protokollet inkluderar Karolinska Institutet som samarbetspartner och tillåter att anonymiserade prover analyseras av konsortiets samarbetspartner. scRNA-seq-data genererades vid Karolinska Institutet från prover med ursprung i både Sverige och Italien. Den deponerade datamängden innehåller inga direkta personidentifierande uppgifter.