Data för: Single-cell sequencing reveals transcriptional and immunogenetic diversity in stereotyped chronic lymphocytic leukemia
https://doi.org/10.48723/ep36-6r74
Datasetet innehåller rådata från enkelcellssekvensering genererade i en studie av 13 individer med kronisk lymfatisk leukemi (KLL). Patienterna tillhör tre biologiskt definierade patientsubgrupper där leukemiska B-celler uttrycker mycket likartade (ofta nära identiska) B-cellsreceptor immunoglobulinsekvenser, nämligen stereotypa subset #1, #2 och #4.
Data har genererats med enkelcells-RNA-sekvensering (10x Genomics Single Cell 5′ Gene Expression and V(D)J) och omfattar information om genuttryck, B-cellsreceptorrepertoarer samt T-cellsreceptorrepertoarer.
Datasetet består av råa sekvenseringsfiler (FASTQ-format) och tillhörande teknisk metadata.
Datasetet består av 138 FASTQ-filer. Datasetets totala storlek är ca 511 GB.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Datasetet innehåller humant enkelcells-RNA-sekvenseringsdata genererat från patienthärledda prover. Data är pseudonymiserade: alla direkta identifierare har avlägsnats och ersatts med studiespecifika prov-ID:n. Data består av RNA-sekvensinformation och tillhörande teknisk metadata. Inga direkta personidentifierande uppgifter förekommer i datafilerna.
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
13 individer diagnostiserade med kronisk lymfatisk leukemi, tillhörande stereotypa subgrupper #1, #2 eller #4.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Tvärsnittsstudie
- Observationsstudie
Beskrivning av studiedesign:
Detta är en tvärsnittsstudie där biologiskt material från individer med kronisk lymfatisk leukemi analyserades med enkelcells-RNA-sekvensering för att karakterisera genuttryck och immunreceptorrepertoarer inom tre sjukdomssubgrupper definierade av stereotyp användning av B-cellsreceptorers immunglobulingener, det vill säga stereotypa subgrupper #1, #2 och #4.
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Prover erhölls från individer diagnostiserade med kronisk lymfatisk leukemi (KLL) som tillhörde stereotypa subset #1, #2 och #4. Dessa subset representerar biologiskt definierade patientsubgrupper där leukemiska B-celler uttrycker mycket likartade (ofta nära identiska) B-cellsreceptor immunoglobulinsekvenser och utgör endast en liten andel av KLL-fallen (~5 %).
Med hänsyn till den begränsade förekomsten av dessa subset valdes individer baserat på provtillgänglighet. Ytterligare urvalskriterier inkluderade behandlingsnaiv status vid provtagning samt tillräcklig provkvalitet för enkelcellsanalys, inklusive hög cellulär viabilitet.
Enkelcellssuspensioner framställdes från patienthärledda perifera blodmononukleära celler (PBMC) och bearbetades för enkelcellssekvensering.
Antal individer/objekt:
13
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Nationell KLL-biobank - provinsamling i prospektiv biobank vid kronisk lymfatisk leukemi, Dnr: 266-13
Datainsamling - Experiment
Datainsamling - Experiment
Insamlingsmetod:
Experiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Single-cell RNA sequencing (10x Genomics Single Cell 5′ Gene Expression and V(D)J)
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2019 - 2023
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för molekylär medicin och kirurgi
Medverkande:
- Sameer A. Parikh – Mayo Clinic
- Karla Plevova – Masaryk University och University Hospital Brno
- Anastasia Chatzidimitriou – Centre for Research and Technology Hellas
- Sarka Pospisilova – Masaryk University och University Hospital Brno
- Neil E. Kay – Mayo Clinic
- Kostas Stamatopoulos – Centre for Research and Technology Hellas
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
Dnr 2021-03388
Utförare:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
Dnr 2025-04650-01
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Cancerfonden
Referensnummer:
22 2448 Pj
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Referensnummer:
2024-02701
Finansiär:
- Region Stockholm
Referensnummer:
ALF/FoUI-962423
Finansiär:
- Radiumhemmets Forskningsfonder
Referensnummer:
194133
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesklassificering enligt CESSDA:
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Oder, B., Rabbani, L., del, P. S. T., Parikh, S., Plevova, K., Mansouri, L., Chatzidimitriou, A., Pospisilova, S., Kay, N., & Stamatopoulos, K. (2026). Single-cell sequencing reveals transcriptional and immunogenetic diversity in stereotyped chronic lymphocytic leukemia. In BLOOD NEOPLASIA (pp. 100282–100282). https://doi.org/10.1016/j.bneo.2026.100282
