Data för: Single-cell sequencing reveals transcriptional and immunogenetic diversity in stereotyped chronic lymphocytic leukemia

13 individer diagnostiserade med kronisk lymfatisk leukemi, tillhörande stereotypa subgrupper #1, #2 eller #4.

Detta är en tvärsnittsstudie där biologiskt material från individer med kronisk lymfatisk leukemi analyserades med enkelcells-RNA-sekvensering för att karakterisera genuttryck och immunreceptorrepertoarer inom tre sjukdomssubgrupper definierade av stereotyp användning av B-cellsreceptorers immunglobulingener, det vill säga stereotypa subgrupper #1, #2 och #4.

Prover erhölls från individer diagnostiserade med kronisk lymfatisk leukemi (KLL) som tillhörde stereotypa subset #1, #2 och #4. Dessa subset representerar biologiskt definierade patientsubgrupper där leukemiska B-celler uttrycker mycket likartade (ofta nära identiska) B-cellsreceptor immunoglobulinsekvenser och utgör endast en liten andel av KLL-fallen (~5 %). Med hänsyn till den begränsade förekomsten av dessa subset valdes individer baserat på provtillgänglighet. Ytterligare urvalskriterier inkluderade behandlingsnaiv status vid provtagning samt tillräcklig provkvalitet för enkelcellsanalys, inklusive hög cellulär viabilitet. Enkelcellssuspensioner framställdes från patienthärledda perifera blodmononukleära celler (PBMC) och bearbetades för enkelcellssekvensering.

Single-cell RNA sequencing (10x Genomics Single Cell 5′ Gene Expression and V(D)J)