Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Atlas of 5'P mRNA decay in bacteria

https://doi.org/10.17044/SCILIFELAB.22284709
Regulation of mRNA stability is a central process in gene expression. Here, report an atlas of 5´ monophosphorylated mRNA decay intermediates (5´P) in 96 species. We use those data to demonstrate that in species with 5´-3´exonuclease activity, the exoribonuclease RNase J follows the trailing ribosome, producing an in vivo single-nucleotide toeprint of its 5´ position. While in other species, ribosome position alters endonucleolytic cleavage sites. Our work demonstrates the universal connection between RNA decay and translation and paves the way for use of metadegradome sequencing to investigate post-transcriptional regulation of unculturable species present and complex microbial communities. Data was analyzed using our fivepseq software.  Improved computational analysis of ribosome dynamics from 5′P degradome data using fivepseq (https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa099) . Lilit Nersisyan, Maria Ropat & Vicent Pelechano. NAR Genomics and Bioinformatics, Volume 2, Issue 4, December 2020, lqaa099, https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa099
Gå till källa för data
https://doi.org/10.17044/SCILIFELAB.22284709

Citering och åtkomst

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Citering:

Licens:

Administrativ information

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2016-01842_VR

Projektnamn på ansökan:

Impact of transcriptome complexity on gene expression dynamics

Finansiär:

Referensnummer:

2020-01480_VR

Projektnamn på ansökan:

Genomic dissection of cellular plasticity and transcriptional memory in drug tolerance.

Finansiär:

Referensnummer:

2021-06112_VR

Projektnamn på ansökan:

Development of a novel tool for diagnosis and prevention of antimicrobial resistance

Finansiär:

Referensnummer:

2019-02335_VR

Projektnamn på ansökan:

Roles of snoRNAs in chromatin organization, gene expression and DNA repair

Finansiär:

Referensnummer:

845495

Projektnamn på ansökan:

Ribosomal frameshifts as a novel mechanism to control RNA turnover in stress

Finansiär:

Referensnummer:

742804

Projektnamn på ansökan:

Dissecting quantitative traits and their underlying genetic interactions via systematic genome editing

Finansiär:

Referensnummer:

81911530167

Projektnamn på ansökan:

Study of complex transcriptomics in human diseases

Finansiär:

Referensnummer:

81870187

Projektnamn på ansökan:

Full-length RNA sequencing studies the role of alternative splicing in dilated cardiomyopathy

Finansiär:

Referensnummer:

2021-01683_VR

Projektnamn på ansökan:

Harnessing the power of the vaginal microbiome to combat Human Papillomavirus (HPV) infections and related diseases

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

  • Microbial genetics
  • Genomics and transcriptomics
  • Gene expression (incl. microarray and other genome-wide approaches)

Relationer

Referar till:

https://doi.org/10.1093/nargab/lqaa099

Är ett komplement till:

10.1101/2021.04.08.439066

Metadata

scilifelab
ki
Publicerad:Metadata uppdaterade: