Linum grandiflorum primary assembly and gene annotation
https://doi.org/10.17044/SCILIFELAB.31362553
This dataset contains the fasta file (Lgrand_primary_v1.fasta.gz) and the gene annotation (Lgrand_primary_v1_genes.gff.gz) of Linum grandiflorum primary assembly.
The annotated assembly has been deposited in the European Nucleotide Archive, ENA (Project PRJEB87189) but it is incomplete, it contains only three contigs.
The genome assembly is based on PacBio HiFi and Hi-C data using Hifiasm (https://github.com/chhylp123/hifiasmÖppnas i en ny tabb).
The gene annotation has been done with MAKER (https://www.yandell-lab.org/software/maker.htmlÖppnas i en ny tabb) and manually curated by NBIS.
This dataset is associated with this article: Zervakis, P. I., Postel, Z., Losvik, A., Fracassetti, M., Solér, L., Proux‐Wéra, E., ... & Slotte, T. (2025). Genomic studies in Linum shed light on the evolution of the distyly supergene and the molecular basis of convergent floral evolution. New Phytologist, 247(6), 2964-2981.
Gå till källa för data
Öppnas i en ny tabbhttps://doi.org/10.17044/SCILIFELAB.31362553
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Skapare/primärforskare:
- Panagiotis Zervakis
- Tanja Slotte - Science for Life Laboratory
Forskningshuvudman:
Citering:
Administrativ information
Administrativ information
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- European Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Finansiär:
- European Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Finansiär:
- Swedish Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Finansiär:
- Swedish Research Council
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
- Evolutionary ecology
Relationer
Relationer
Är citerad av:
Metadata
Metadata
