Small non-coding RNA profiling across cellular and biofluid compartments and their implications for multiple sclerosis immunopathology
https://doi.org/10.5878/c1mq-9r62
Små icke-kodade RNA (sncRNA) spelar en viktig roll i regleringen av olika processer i kroppen, särskilt i immunsystemet och kan lätt detekteras i kroppsvätskor. Projektets specifika syfte är att genomföra screening av små-icke-kodande RNA från perifert blod och cerebrospinalvätska hos MS-patienter i syfte att avslöja deras biologiska roll i MS och testa deras potential som nya MS-biomarkörer. Vi analyserade förändringarna i nivån av sncRNA i blod och cerebrospinalvätska hos patienter med MS (29) och kontroller (16). Patienter med olika former av MS inkluderades i analysen för att klargöra mekanismerna genom vilka sncRNA kan bidra till utvecklingen av en viss form av sjukdomen. Uppgifterna innehåller råinformation om molekyler för varje transkript.
För mer information se den engelska katalogsidan https://snd.gu.se/en/catalogue/study/SND1150Öppnas i en ny tabb
Datafiler
Datafiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
- Galina Zheleznyakova - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Eliane Piket - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Maria Needhamsen - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Maja Jagodic - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Nej
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Patienter med Multipel skleros (29), Kontroller (16)
Studiedesign:
- Observationsstudie
Beskrivning av studiedesign:
Small non-coding RNAs were isolated from PBMC, plasma, CSF cells and CSF. The libraries were prepared as previously described (PMID: 27798564) and sequenced on two lanes of HiSeq2500. The data analysis was performed as previously described (PMID: 27798564).
Urvalsmetod:
Variabler:
4
Antal individer/objekt:
176
Datainsamling - Fokusgrupp
Datainsamling - Fokusgrupp
Insamlingsmetod:
Fokusgrupp
Datakälla:
- Biologiska prover
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för klinisk neurovetenskap
Medverkande:
- Mohsen Khademi - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Diana Ekman - National Bioinformatics Infrastructure Sweden
- Tomas Olsson - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Faiez Al Nimer - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Patrick Scicluna - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
- Omid Faridani - Karolinska Institutet - Ludwig Institute for Cancer Research
- Michael Hagemann-Jensen - Karolinska Institutet - Ludwig Institute for Cancer Research
- Fredrik Piehl - Karolinska Institutet - Institutionen för klinisk neurovetenskap
Etikprövning:
Stockholm - 2009/2107-31/2
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Swedish MS Foundation
Finansiär:
- Region Stockholm
Finansiär:
- Hjärnfonden
Finansiär:
- Neuroförbundet
Finansiär:
- AstraZeneca-Science for Life Laboratory collaboration
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Finansiär:
- Horizon 2020
Finansiär:
- Svenska Läkaresällskapet
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Profiling of small non-coding RNAs across cellular and biofluid compartments: implications for multiple sclerosis immunopathology. Galina Yurevna Zheleznyakova, Eliane Piket, Maria Needhamsen, Michael Hagemann-Jensen, Diana Ekman, Mohsen Khademi, Faiez Al Nimer, Patrick Scicluna, Omid R Faridani, Tomas Olsson, Fredrik Piehl, Maja Jagodic. Deposited on bioRxiv.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.05.15.097519v1Öppnas i en ny tabb
Metadata
Metadata
Version 1.0
