Data för: Tumörevolution och dynamik i den immuna mikromiljön vid primär och recidiverad mantelcelllymfon (MCL)
https://doi.org/10.48723/kfy8-5r05
Tillgänglighet för data
Datasetet kan endast delas inom Sverige på grund av juridiska restriktioner.
Sammanfattning:
Mantelcelllymfom (MCL) är en ovanlig men ofta aggressiv typ av B-cellslymfom med hög risk för återfall. För att förstå mekanismerna bakom sjukdomsrelaps använde vi single-cell RNA-sekvensering (scRNAseq) på 20 prover från diagnostiserade/obehandlade (primära, n = 11) och/eller återfallna tumörer (n = 9) från 11 MCL-patienter. Helt genomsekvensering (WGS) utfördes också på tillgängliga prover.
Den totala storleken på den inlagda datan är cirka 1,3 TB. Den innehåller 70 GNU-zippade fastq-filer med rådata och en dokumentationsfil i xlsx-format. Alla fastq-filnamn finns inkluderade i metadatafilen documentation file metadata.xlsx.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Gendata
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Den studerade populationen består av patienter diagnostiserade med mantelcellslymfom. Analysens resultat kommer att hänvisa till denna specifika grupp av individer.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Observational study
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Provsbearbetning för scRNA-seq-prover: Mononukleära celler isolerades från benmärgsprover med standard densitetscentrifugering med hjälp av Lymphoprep (Axis-Shield) enligt tillverkarens instruktioner. Tarm-, tonsill- och lymfoida vävnader bearbetades till enkelcellsuppslamning genom mekanisk dissociation och filtrerades sedan genom 70 μm-silar. Enkelceller frystes ned i fosterbuffrad serum (FBS) kompletterat med 10 % dimetylsulfoxid (DMSO) och förvarades i flytande kväve före användning.
Cellsortering för scRNAseq-prover: Cellerna som användes för flödescytometri tinades i RPMI 1640-cellmedium (Gibco). Cellernas Fc-receptorer blockerades med human FcR Blocking Reagent (Miltenyi Biotec) i 10 minuter och därefter färgades de med anti-CD19 BV421 och anti-CD235a FITC i FACS-buffert (PBS med 2 % FBS) i 20 minuter på is. Omedelbart före sortering inkuberades cellerna kort med propidiumjodid-färgning. För MCL-proverna sorterades levande CD235a- celler, CD235a- CD19+ celler och CD235a- CD19- celler i FACS-buffert med en BD FACSAria Fusion Sorter (BD Biosciences). Levande CD235a- celler användes för enkelcellssekvensering medan levande CD235a- CD19+ och CD235a- CD19- celler användes för att extrahera DNA för tumör- respektive germlinje-WGS. För kontrollprovet sorterades levande CD19- och levande CD19+ celler separat och blandades sedan i förhållandet 3:7 för enkelcellssekvensering.
scRNA-sekvensering och dataanalys: Med hjälp av Chromium Next GEM Single-Cell 5′ Reagent Kit v2 (10x Genomics) lastades cellerna på separata banor i Next GEM Chromium Controller (10x Genomics) för kapsling (med målet att återvinna 10 000 celler per prov). Enkelcells-gene-expressionsbibliotek (GEX) konstruerades enligt tillverkarens protokoll.
WGS-sekvensering: För färskfrysta vävnadsprover extraherades genomiskt DNA från tumörer och matchande blodprover separat med DNeasy Tissue and Blood Kit (Qiagen). För enkelcellsuppslamningsprover från MCL separerades B-celler och icke-B-celler med FACS (CD19+/CD19-) eller EasySep human B-cell enrichment kit för att representera tumörprover respektive icke-tumör (germline) kontroller. Genomiskt DNA från sorterade celler extraherades med DNeasy Tissue and Blood Kit.
Antal individer/objekt:
11
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
KI biobank
Typ(er) av prov:
Tumörprov
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för medicinsk biokemi och biofysik
Medverkande:
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Stockholm Ethical Review Board
Diarienummer:
2015/418-31
Utförare:
- Swedish Ethical Review Authority
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2022-02865-02
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Swedish Research Council
Opens a new window at ror.org.
ROR
Referensnummer:
2019-01302_VR
Projektnamn på ansökan:
Regulation of immunoglobulin gene diversification: with relevance for primary immunodeficiency and lymphoid malignancies
Information om finansiering:
The aim of this project is to understand the complex molecular mechanisms involved in the regulation of immunoglobulin (Ig) gene diversification processes, i.e. V(D)J recombination, class switch recombination (CSR) and somatic hypermutation (SHM). We have developed a series of next generation sequencing technology-based strategies to study the in vitro and in vivo V(D)J recombination as well as CSR and SHM patterns in human B-cells. Furthermore, inducible pluripotent stem cells reprogrammed from healthy individuals´ and patients’ fibroblasts have been generated, and will be further differentiated in order to recapture different B cell development stages. Moreover, single cell RNA sequencing and CRISPR-based technologies will be applied to help to identify key factors driving B cell development as well as Ig gene diversification. Combining these approaches, and taking advantage of our unique collection of patient samples with rare primary immunodeficiencies, we hope to delineate the complex molecular mechanism involved in Ig gene diversifications. Finally, we hope to address the question whether illegitimate CSR and SHM events are associated with B cell genome instability and lymphomagenesis. The somatic mutation and translocation patterns will be systematically characterized in B-cell lymphoma in relation to DNA repair defects and chronic viral infection status (exemplified by HBV virus).
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Wan, H., Ren, W., Yang, M., Nie, M., Wasik, A., Du, L., de, C.-M. L., Sun, R., Bai, Z., & Enninful, A. (2025). Tumor evolution and immune microenvironment dynamics in primary and relapsed mantle cell lymphoma. In CELL REPORTS MEDICINE (Vol. 6, Issue 9, pp. 102318–102318). https://doi.org/10.1016/j.xcrm.2025.102318
