Dataset of confocal microscopy from plant samples - High-throughput characterization of cortical microtubule arrays response to anisotropic tensile stress
https://doi.org/10.5878/62ed-8017
The data set contains Tiff Z-stacks from light-grown hypocotyls and cotyledons of cortical microtubule (CMT) reporter lines either with few or no ablated cells from a time series experiment. This data set was analyzed with a new semi-automated image analysis workflow we have developed to quantify CMTs reorganization in individual cells following an ablation (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow).
The dataset in the zip file was analyzed using the scripts on GitHub (https://github.com/VergerLab/MT_Angle2Ablation_Workflow). A step by step describes and explains all the scripts of the image analysis procedure. The intermediate data generated by the analysis method can be found on zenodo (https://zenodo.org/record/7436075#.Y5rmd-zMJF8).
The documentation file Example_2D_Image.tif gives a visual representation from a typical z-stack.
Documentation files
Documentation files
Citation and access
Citation and access
Data access level:
Creator/Principal investigator(s):
Research principal:
Principal's reference number:
- SLU.genfys.2023.4.4.IÄ-2
Data contains personal data:
No
Citation:
Language:
Data collection - Inspelning
Data collection - Inspelning
Mode of collection:
Inspelning
Description of the mode of collection:
Konfokalmikroskop tidsseriebilder av hypokotyler (var 20 minut under 4 timmar) togs på mikrotubuli-reporterlinjer
Source of the data:
- Forskningsdata
- Biologiska prover
Temporal resolution:
20 minut
Sample
Sample
Name:
bot1-7 GFP-MBD
Description of sample:
GFP-MBD line crossed with bot1-7 a katanin mutant with impaired rearrangement of microtubules. (Uyttewaal et al., 2012) DOI: 10.1016/j.cell.2012.02.048
Name:
GFP-MBD
Description of sample:
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Marc et al., 1998) DOI: 10.1105/tpc.10.11.1927
Name:
mCit-MBD
Description of sample:
Fluorophore fused to a microtubule binding domain from the Microtubule Associated Protein 4 (MAP4). (Armezzani et al., 2018) DOI: 10.1242/dev.162255
Name:
GFP-TUA6
Description of sample:
GFP fused to a tubulin subunit. (Ueda et al., 1999) https://doi.org/10.1007/BF01279267
Instrument
Instrument
Name:
confocal microscope Zeiss LSM800
Description of the instrument:
Upright confocal microscope from Zeiss
Administrative information
Administrative information
Responsible department/unit:
Department of Forest Genetics and Plant Physiology
Funding
Funding
Funding agency:
- Knut och Alice Wallenberg Stiftelse
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Award number:
KAW 2016.0341 and KAW 2016.0352
Funding agency:
- Bio4Energy
Funding agency:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Award number:
2020-03974
Award title:
Starting grant
Funding agency:
Award number:
2016-00504
Topic and keywords
Topic and keywords
Swedish Standard Classification of Research Subjects 2025:
Versions
Versions
Version:
2
Filkonvertering:
Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.Data tillagda:
Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.
Published:
Metadata
Metadata
Versions
Versions
Version:
2
Filkonvertering:
Filer för varje genotyp har lagts i en separat zipfil.Data tillagda:
Lade till "Pavement cells.zip" och uppdaterade dokumentation. Den första versionen av datamängden innehöll bilder från tidsserieexperiment förvärvade på hypokotyler av mikrotubuli reporterlinjer antingen med få eller inga dödade celler. Den andra versionen innehåller ytterligare bilder av en tidsserieexperiment på hjärtblad från en mikrotubuli reporterlinje efter att ha dödat några celler.
Published:
