NMR-spektra av rotexudat från raps (Brassica napus)
https://doi.org/10.5878/8t82-d090
Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5.
För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O.
Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik.
Dokumentationsfiler
Dokumentationsfiler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Diarienummer hos huvudman:
- SLU.molsci.2023.IÄ.4.4-13
Data innehåller personuppgifter:
Nej
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Tidsperiod(er) som undersökts:
Dataformat/datastruktur:
Arter och taxon:
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Datainsamling - Laboratorieexperiment
Insamlingsmetod:
Laboratorieexperiment
Beskrivning av insamlingsmetod:
Ytsteriliserade rapsfrön fick gro 3-5 dagar i petriskålar med 0.5× Murashige-Skoog-medium (inkl. vitaminer) och 0,6 % bacto agar. Därefter fästes skotten på 50 ml plaströr fyllda med autoklaverat MilliQ-vatten så att skottens rötter hamnade i vattnet (se foton), 8 skott till varje rör. Rotexudat samlades sedan in under fyra dagar varefter de frystorkades. Blankprover behandlades på samma sätt men utan några växtskott.
Frystorkade rotexudat löstes upp i några milliliter MilliQ-vatten, fördes över till 15 ml plaströr och torkades i en vakuumcentrifug. NMR-prover bereddes genom att tillsätta 750 μl KH2PO4 buffer i D2O (45 mM, pD 7.0 (avläst pH 6.6)+DSS-d6 till varje rör. Proverna centrifugerades sedan 10 min vid 17000xg. För varje prov fördes 600 µl supernatant över till ett 5 mm NMR-rör.
NMR-experiment:
- 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra för intakta rotexudat.
- 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion)
- 1D-1H-spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov.
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2021-03 - 2022-05
Datainsamlare:
- Sveriges lantbruksuniversitet
Datakälla:
- Biologiska prover
Instrument
Instrument
Namn:
NMR-spektrometer
Beskrivning av instrument:
Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer (5 mm 1H/13C/15N/31P inverse detection kryoprob med z-gradient) kopplad till Topspin version 3.5
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för molekylära vetenskaper
Medverkande:
- Anders Broberg – Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
- Gustav Nestor – Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
- Johan Meijer – Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för växtbiologi
- Corine Sandström – Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Alexandersson, E., Sandström, C., Meijer, J., Nestor, G., Broberg, A. & Röhnisch, H.E. (2024). Extended automated quantification algorithm (AQuA) for targeted 1H NMR metabolomics of highly complex samples: application to plant root exudates. Metabolomics, 20 (1), 11.
