Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

NMR-spektra av rotexudat från raps (Brassica napus)

https://doi.org/10.5878/8t82-d090
Datasetet innehåller 1D- och 2D-NMR-spektra av rotexudat från olika sorters raps (Brassica napus). Spektrumen erhölls med en Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer via Topspin version 3.5. För intakta rotexudat finns 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra. I datasetet ingår även 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion), samt spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov. Alla prover har frystorkats och sedan lösts upp i D2O. Datan användes för att utveckla "extended AQuA", ett automatiserat arbetsflöde för kvantitativ metabolomik.
Ladda ner data och dokumentation (6 filer / 35.66 MiB)

Datafiler

  • NMR_spectra.zip
    18.29 MiB
  • Seedlings_1.jpg
    7.35 MiB
  • Seedlings_2.jpg
    7.25 MiB
  • Thumbs.db
    16.5 KiB

Dokumentationsfiler

  • Alexandersson-E-et-al-2024.pdf
    2.75 MiB
  • README.txt
    4.36 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • SLU.molsci.2023.IÄ.4.4-13

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Datainsamling Laboratorieexperiment

Insamlingsmetod:

Laboratorieexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Ytsteriliserade rapsfrön fick gro 3-5 dagar i petriskålar med 0.5× Murashige-Skoog-medium (inkl. vitaminer) och 0,6 % bacto agar. Därefter fästes skotten på 50 ml plaströr fyllda med autoklaverat MilliQ-vatten så att skottens rötter hamnade i vattnet (se foton), 8 skott till varje rör. Rotexudat samlades sedan in under fyra dagar varefter de frystorkades. Blankprover behandlades på samma sätt men utan några växtskott. Frystorkade rotexudat löstes upp i några milliliter MilliQ-vatten, fördes över till 15 ml plaströr och torkades i en vakuumcentrifug. NMR-prover bereddes genom att tillsätta 750 μl KH2PO4 buffer i D2O (45 mM, pD 7.0 (avläst pH 6.6)+DSS-d6 till varje rör. Proverna centrifugerades sedan 10 min vid 17000xg. För varje prov fördes 600 µl supernatant över till ett 5 mm NMR-rör. NMR-experiment: - 1D-1H-NOESY, (1H,1H)-TOCSY, (1H,13C)-HSQC, CPMG- och 1D-diffusionsspektra för intakta rotexudat. - 1D-1H-spektra av ett prov som har ultrafiltrerats respektive passerat en SPE-kolonn (fastfasextraktion) - 1D-1H-spektra från ett spikningsexperiment där olika koncentrationer av fem metaboliter satts till både ett poolat rotexudatprov och ett blankprov.

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2021-03 - 2022-05

Datainsamlare:

  • Sveriges lantbruksuniversitet

Datakälla:

  • Biologiska prover

Instrument

Namn:

NMR-spektrometer

Beskrivning av instrument:

Bruker Avance III 600 MHz NMR-spektrometer (5 mm 1H/13C/15N/31P inverse detection kryoprob med z-gradient) kopplad till Topspin version 3.5

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för molekylära vetenskaper

Medverkande:

  • Anders Broberg - Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
  • Gustav Nestor - Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper
  • Johan Meijer - Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för växtbiologi
  • Corine Sandström - Sveriges lantbruksuniversitet - Institutionen för molekylära vetenskaper

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Publikationer

Citering:

Alexandersson, E., Sandström, C., Meijer, J., Nestor, G., Broberg, A. & Röhnisch, H.E. (2024). Extended automated quantification algorithm (AQuA) for targeted 1H NMR metabolomics of highly complex samples: application to plant root exudates. Metabolomics, 20 (1), 11.

Kontakt

SLU Arkivarkiv@slu.seÖppnas i en ny tabb
Hanna Eriksson Röhnischhanna.eriksson.rohnisch@slu.seÖppnas i en ny tabb

Metadata

Version 1
doris
slu
Publicerad: