Data: Evolution av koppartolerans i den marina kiselalgsarten Skeletonema marinoi

Detta projekt undersöker om, och hur, samtida populationer av kiselalgsarten Skeletonema marinoi har utvecklats som svar på gruvföroreningar. Provtagningslokalerna är två fjärdar i Östersjön, där en, Gåsfjärden (VG: 57°34.35'N, 16°34.98'E), har påverkats av gruvföroreningar i ca. 400 år medan den andra, Gropviken (GP: 58°19.92N 16°42.35'E), inte har gjort det. Olika strains isolerades och genomet sekvenserades för 55 individuella strains, och de var fenotypiskt karaktäriserade i termer av specifik tillväxthastighet och toxisk dos-respons till koppar (6-12 µM Cu). Ett artificiellt evolutionsexperiment genomfördes genom att sätta ihop 28 och 30 strains från de två populationerna separat och låta dem evolvera med och utan toxisk Cu-stress om 8,65 µM koppar, motsvarande den koncentration som hämmar referens-strainen RO5AC:s specifika tillväxthastighet med 50 % i akuta toxiska tester (Andersson et al. 2020: DOI: 10.1016/j.aquatox.2020.105551). En nyligen utvecklad 523 bp lång strain-specifik metabarcoding-locus (*Sm_C12W1*: https://github.com/topel-research-group/Live2TellÖppnas i en ny tabb) användes för att spåra urvalsprocessen. Detta locus är beläget på contig 12 av S. marinoi, inuti en pentatricopeptid (PPR)-repeterande region av genen Sm_t00009768-RA, som kodar för ett RNA-bindande protein. Lokuset har 38 SNP-positioner bland de 58 strainarna som används i denna studie och 110 unika alleler med 100 % heterozygositet, inklusive två triploida/aneuploida strainar. Utfallet av experimentet kontrasteras mot en selektionsmodell beräknad enligt Andersson et al. 2022 (DOI: 10.1038/s41396-021-01092-9). Data och analyser här inkluderar rådata och R-skript. Sekvenseringsdata bearbetas eller ingår inte, men finns tillgänglig på NCBI hemisida under BioProject: PRJNA939970. Amplikonsekvenseringsdata har analyseras enligt beskrivningen/koden i https://github.com/topel-research-group/Bamboozle/wiki/Bamboozle-Part-2:-Barcode-QuantificationÖppnas i en ny tabb. Kod finns medpaketerad i arkivet Cu_evolution.zip. För mer detaljerad information om data och koder, se README.md-filer som är associerade med varje steg i analysen. De fyra analysstegen anhåller relevant input data och kan köras separat. Se den engelska versionen av databeskrivningen för detaljer och resurser för reproduktion av analysen.