Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Data för Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring to detect rare, indicator and invasive species

https://doi.org/10.5878/68mj-8k45
Uppgifterna tillhör studien Freshwater mollusc community screening - classical and eDNA monitoring methods to detect rare, indicator and invasive species. Tabeller och figurer representerar i detalj resultat från provorterna för 15 svenska sjöar och älvar. Studien fokuserade på planktonprover och två sorters sedimentprover (Kick-net och M42 metoden) vid två provtagningstillfällen (vår och höst). Arter hittades genom a) klassiska morfologiska studier där sötvattensmollusker bestämdes för hand med ett stereolupe; b) med streckkodning av cytochrome c oxidase subunit I (COI) och c) genom eDNA metabarcoding analys (Illumina sekvensering). Huvudfokus låg på ärtmusslor, men även andra bentiska sötvattensmollusker och organismer kunde påvisas. COI streckkodsdata analyserades för ett streckkodsträd med software MEGA version 11.0.13 (https://www.megasoftware.netÖppnas i en ny tabb) (Stecher et al., 2020). Metabarcoding data analyserades med software Apscale pipeline (https://github.com/DominikBuchner/apscaleÖppnas i en ny tabb, Buchner et al., 2022).
Ladda ner data och dokumentation (12 filer / 1.42 MiB)

Datafiler

  • FigureS1A_C_NCBI_BOLD_240625.docx
    457.66 KiB
  • FigureS2_InvasiveSpecies.png
    125.31 KiB
  • SupplementaryTable1_SampleSites.docx
    21.89 KiB
  • SupplementaryTable2_SequencesBarcodeTree.docx
    35.61 KiB
  • SupplementaryTable3_Morphological_Records_FM_240829b.xlsx
    40.44 KiB
  • SupplementaryTable4A_List_InvasiveSpecies.docx
    14.92 KiB
  • SupplementaryTable4B__Results_InvasiveSpecies_Metabarcoding.xlsx
    12.83 KiB
  • SupplementaryTable5A_IndicatorList_.xlsx
    91.05 KiB
  • SupplementaryTable5B_Indicator_list_NCBI_BOLD.DataFootprint.xlsx
    161.97 KiB
  • SupplementaryTable5C_Results_IndicatorSpecies_Metabarcoding.xlsx
    296.24 KiB
  • Thumbs.db
    10.5 KiB

Dokumentationsfiler

  • ReadmeFileDataSetFreshwaterMolluscCommunityScreening.pdf
    182.65 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • FP2018/20

Data innehåller personuppgifter:

Nej

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Tidsperiod(er) som undersökts:

Dataformat/​datastruktur:

Arter och taxon:

Prover/material Nya från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Göteborgs Naturhistoriska Museum

Typ(er) av prov:

Vävnadsprover från barcodade individer samt vouchermaterial som samlades (sötvattenmollusker)

Datainsamling Fältexperiment

Insamlingsmetod:

Fältexperiment

Beskrivning av insamlingsmetod:

Materialet samlades in med hjälp av tre olika metoder längs med en 50 m linjetransekt vid varje vattendrag: 1) Plankton nät: zooplankton nät, 200 um storlek, dragen i en halv cirkel vid 0, 25 och 50 meter 2) Kick-nät: Wildcon D-nät, 500 um, vertikal framför insamlares fötter, vid 0, 25 och 50 meter 3) Svensk M42 metoden för övervakning av Bottenfauna i sjöars littoral och vattendrag - oberoende urval Version 1:2, 2016-11-01 (Havs- och Vattenmyndigheten), med 30 delprover längs med transeketen. Proverna förvarades i en 500ml LDPE flaskan (VWR) med 96% etanol i en kylbox i fält och sen förvarat i en -20 °C frys i labbet tills DNA extraktion genomfördes.

Tidsperiod(er) för datainsamling:

2019-09 - 2021-07

Datainsamlare:

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Geografisk beskrivning:

Sjövar och älvar i Sverige - region Norrbotten (Öst-Kieratj, Harrijåkkå, Aborrträsket), Bohuslän (Aröds å, Bodeleån, Risån, Nedre Bäveån, Stora Skarsjön, Ivarsbosjön, Stora Tokevattnet, Restevattnet), Skaraborg (Flämsjön, Stora Bjursjön, Vristulven, Östen)

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Insitutionen för Biovetenskap

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2018-01003_Formas

Projektnamn på ansökan:

Stoppa biodiversitetsförlusten genom förbättrad spårning av hotade evertebrater

Ämnesområde och nyckelord

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

INSPIRE topic categories:

Nyckelord:

Relationer

Hemsida:

Kompletteras av:

original metabarcoding filer (fastq files) in ENA katalog (European Nucleotide Archive)Öppnas i en ny tabb

Publikationer

Citering:

Authors: Sonja Leidenberger, Vollrath Wiese, Finja Schaumann, Felix Pleiss, Kathrin Langen, Sarah J. Bourlat Journal: Science of the Total Environment accepted

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
Högskolan i Skövde
Publicerad: