PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population)

För att bättre förstå livsstils- och miljöfaktorer som påverkar mikrobiomet och resistomet analyserade vi 74 avföringsprover från den tvärsnittliga PARSIFAL-studien (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x) med hjälp av parendad shotgun-metagenomsekvensering. Studiepopulationen bestod av barn i åldrarna 5–13 år som bodde i regionerna Uppsala och Järna (Sverige) och inkluderade deltagare som bodde på gårdar, barn med antroposofiska livsstilar samt två referensgrupper av barn som bodde i samma områden men inte följde dessa livsstilar. För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Prover togs av föräldrarna, först förvarade vid –20 °C och slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivningen av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagardata och prover som användes i analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x). Datasetet består av 170 filer med en total storlek på ca 504 GB.