Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

PARSIFAL gut metagenomic sequencing data (Swedish population)

https://doi.org/10.48723/w4s4-6r54
För att bättre förstå livsstils- och miljöfaktorer som påverkar mikrobiomet och resistomet analyserade vi 74 avföringsprover från den tvärsnittliga PARSIFAL-studien (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.xÖppnas i en ny tabb) med hjälp av parendad shotgun-metagenomsekvensering. Studiepopulationen bestod av barn i åldrarna 5–13 år som bodde i regionerna Uppsala och Järna (Sverige) och inkluderade deltagare som bodde på gårdar, barn med antroposofiska livsstilar samt två referensgrupper av barn som bodde i samma områden men inte följde dessa livsstilar. För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Prover togs av föräldrarna, först förvarade vid –20 °C och slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivningen av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06Öppnas i en ny tabb). Deltagardata och prover som användes i analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.xÖppnas i en ny tabb). Datasetet består av 170 filer med en total storlek på ca 504 GB.
Ladda ner dokumentation (2 filer / 1.08 MiB)

Dokumentationsfiler

  • Preprint_first_publication_of_data.pdf
    1.08 MiB
  • README.txt
    3.32 KiB

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Diarienummer hos huvudman:

  • KI Dnr: 00-140
  • KI Dnr: 02-475

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Uppgifterna innehåller sekvenseringsdata från avföringsprover.

Kodnyckel existerar:

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter:

Ja

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Den svenska delen av studiepopulationen rekryterades i Uppsala och Järna (Sverige) och består av fyra tydligt avgränsade livsstilsgrupper: 1. En grupp gårdsbarn som bor på gårdar (N = 37). 2. En referensgrupp för gårdsbarn, bestående av barn som bor i lantbrukarnas område men inte växer upp på gårdar (N = 11). 3. En grupp antroposofer (N = 19; rekryterade vid Steinerskolor och benämnda ”Steiner” i hela texten). 4. En Steiner-referensgrupp, bestående av barn som bor i samma område men inte följer den antroposofiska livsstilen (N = 7).

Tidsdimension:

Studiedesign:

  • Observationsstudie
  • Tvärsnittsstudie

Beskrivning av studiedesign:

Studiepopulationen bestod av barn i åldrarna 5–13 år som bodde i regionerna Uppsala och Järna (Sverige) och omfattade deltagare som bodde på gårdar, barn med antroposofiska livsstilar samt två referensgrupper av barn som bodde i samma områden men som inte följde dessa livsstilar. För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Proverna togs av föräldrarna, förvarades först vid –20 °C och förvarades slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivning av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagaruppgifterna och proverna som användes för analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x).

Urvalsmetod:

Beskrivning av urval:

För denna studie erhölls alla 74 avföringsprover från den svenska delen av PARSIFAL-studien. Proverna togs av föräldrarna, förvarades först vid –20 °C och förvarades slutligen vid –80 °C före DNA-extraktion, enligt beskrivning av Dicksved et al. (https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06). Deltagaruppgifterna och proverna som användes för analyserna i denna studie samlades in mellan oktober 2000 och maj 2002. Ett frågeformulär fylldes i av föräldrarna och har tidigare rapporterats i detalj av Alfvén et al. (https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.x).

Tidsperiod(er) som undersökts:

Antal individer/​objekt:

74

Dataformat/​datastruktur:

Prover/material Befintliga från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

KI Biobank Core Facility

Typ(er) av prov:

Avföring

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Geografisk beskrivning:

Uppsala och Järna

Lägsta geografiska enhet:

Kommun

Högsta geografiska enhet:

Region

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutet för miljömedicin

Etikprövning 1:

Etikprövningsmyndigheten - KI Dnr: 02-475

Etikprövning 2:

Etikprövningsmyndigheten - KI Dnr: 00-140

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

QLRT 1999 01391

Finansiär:

Referensnummer:

Institute of Environmental Medicine (Karolinska Institutet) strategic grants for pilot collaboration projects

Ämnesområde och nyckelord

CESSDA Topic Classification:

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Relaterade forskningsdata:

Publikationer

Citering:

Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., Braun-Fahrlander, C., Dicksved, J., Floistrup, H., Bergstrom, A., Rosenquist, M., Pershagen, G., Scheynius, A., Roos, S., Alm, J., Engstrand, L., … Braun-Fahrlander, C. (2007). Molecular fingerprinting of the fecal microbiota of children raised according to different lifestyles. In APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY (Vol. 73, Issue 7, pp. 2284–2289). https://doi.org/10.1128/AEM.02223-06Öppnas i en ny tabb

SwePub:

oai:swepub.ki.se:571668Öppnas i en ny tabb

Citering:

Dühr, H., Pärnänen, K., Kucháriková, N., Werner, P., Pershagen, G., Lahti, L., Alenius, H., Bergström, A., Ruuskanen, M. O., & Fyhrquist, N. (2025). Lifestyle associates with unique resistome and microbiome signatures in children (p. 2025.06.25.25330258). medRxiv. https://doi.org/10.1101/2025.06.25.25330258Öppnas i en ny tabb

Citering:

Alfvén, T., Braun-Fahrländer, C., Brunekreef, B., von Mutius, E., Riedler, J., Scheynius, A., van Hage, M., Wickman, M., Benz, M. R., Budde, J., Michels, K. B., Schram, D., Üblagger, E., Waser, M., Pershagen, G., & the PARSIFAL study group. (2006). Allergic diseases and atopic sensitization in children related to farming and anthroposophic lifestyle – the PARSIFAL study. Allergy, 61(4), 414–421. https://doi.org/10.1111/j.1398-9995.2005.00939.xÖppnas i en ny tabb

Kontakt

Metadata

Version 1
doris
ki
Publicerad:|Uppdaterad: