Data från immunosupprimerade individer vaccinerade med SARS-CoV-2-vacciner: antikroppstitrar, sekvensering av B-cellsreceptorrepertoar och immunfenotypning av B-celler
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Datasetet innehåller pseudonymiserade genetiska data från BCR-sekvensering. Inga direkta identiteter ingår. Indirekta identiteter är kodade prov-ID och hälsorelaterade gruppindelningar (t.ex. GVHD+ vs GVHD-). Risken för återidentifiering är mycket låg, och data kan delas under kontrollerad åtkomst.
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Datasetet inkluderar prover från deltagare i COVAXID-kliniska studien (EudraCT 2021-000175-37; NCT04780659), en prospektiv studie av SARS-CoV-2 mRNA-vaccination hos alloHCT-mottagare. Både manliga och kvinnliga deltagare ingick. Deltagare med befintlig immunitet, positiv PCR vid start eller COVID-19-infektion mellan dag 0 och dag 35 exkluderades från analyser av vaccininducerade svar, med undantag för en deltagare som inkluderades i den övergripande IGH-repertoaranalysen. Undergrupper för BCR-sekvensering valdes baserat på cGVHD-status (cGVHD+ vs cGVHD-) och tillgång på prover. Könsfördelningen var relativt balanserad, även om den inte alltid var exakt 50-50 på grund av urvalet av prover.
Tidsdimension:
Studiedesign:
- Experimentell studie
- Icke randomiserad studie
Beskrivning av urval:
Prover samlades in vid Dag 0 och Dag 35 efter två mRNA SARS-CoV-2-vaccinationer. PBMC isolerades och kryopreserverades, och B-cellreceptorsekvenser erhölls från antigen-specifika B-celler eller bulk IgM/IgG-repertoarer. FASTQ/FASTA-filer finns per prov. Detaljerad information om provtagning och bearbetning finns i Hellgren et al. (DOI: 10.1002/cti2.70077).
Tidsperiod(er) som undersökts:
Antal individer/objekt:
20
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Typ(er) av prov:
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för medicin, Solna
Medverkande:
Etikprövning:
Etikprövningsmyndigheten - 2021-00451
Finansiering
Finansiering
Finansiär:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2021-04779_VR
Projektnamn på ansökan:
Covid-19-vaccination hos immunsupprimerade individer: Ett interdisciplinärt samarbete för att få klinisk och mekanistisk inblick i varaktig immunitet mot SARS-CoV-2-infektion
Information om finansiering:
Patienter med olika immunbristsjukdomar, medfödda eller förvärvade, har högre risk för att avlida av svår Covid-19, men dessa patienter har generellt uteslutits från studier av Covid-19 vaccination. Det finns därför en tydlig kunskapslucka om patienter med immunbrist kan utveckla långtids immunitet och därmed skydd efter Covid-19-vaccination. Även kunskap om det finns särskilda biverkningar efter Covid-19 vaccination hos dessa grupper saknas. För att undersöka dessa frågor samlar vi här ett tvärvetenskapligt team av natonellt ledande kliniker och forskare i fyra regioner. Första syfte är att definiera effekten av Covid-19, genom att utvärdera förekomst och duration av antikroppar och cell-medierat immunsvar. Även säkerhet efter Covid-19 vaccination hos patienter med immunbrist kommer att utvärderas och jämföras med friska kontroller. Genom länkning av nationella register kommer vi att undersöka om Covid-19 vaccination kan ha skyddande effekt för allvarlig Covid-19 hos personer med nedsatt immunförsvar. Som syfte nummer två, kommer vi att undersöka om vissa genetiska, behandlingsorsakade, eller immunologiska profiler har association med ett bra/otillräckligt immunologiskt svar och därmed skydd efter vaccination. Uppkomsten av nya varianter efter vaccination hos patienter med immunbrist kommer också att studeras. Forskningen baseras på två av Läkemedelsverkets godkända kliniska prövningar med 1040 individer, där studier av vaccinets effekt, säkerhet och analyser av immunitet planeras. Genom en systematisk insamling av kliniskt material med blod och salivprover vid upprepade regelbundna tillfällen möjliggörs djupa studier av T- och B cells aktivitet, och extensiva antikroppsanalyser där djupa cellulära och molekylära analyser på singel cellnivå kommer utgöra en hörnsten av projektet. De aktuella studierna beräknas pågå i fyra år. Kunskap från vårt projekt kan komma till nytta för skapande av framtida Covid-19 vaccinationsriktlinjer för denna utsatta patientpopulation.
Finansiär:
- Knut and Alice Wallenberg Foundation
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
RORÖppnas i en ny tabb
Referensnummer:
2021-0017
Finansiär:
- Cancerfonden
Referensnummer:
21 1728 Pj
