Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data
https://doi.org/10.48723/f4v5-m008
Proverna i datamängden är kopplade till en studie som fokuserar på att studera intratumoral heterogenitet i bröstcancer med användning av rumsliga transkriptomiska data och beräkningspatologi. Datauppsättningen innehåller 14 prover från 3 patienter (en trippelnegativ bröstcancer och två HER2-positiva bröstcancer). Flera regioner av tumören samlades in för analys. Varje prov är en tumörregion från en av patienterna.
Bibliotek för rumslig transkriptomik framställdes med användning av Visium rumsliga genuttryckskit (10x genomik). Sekvensering utfördes med hjälp av Illumina NovaSeq 6000-plattformen vid National Genomics Infrastructure, SciLifeLab i Solna, Sverige.
Datasetet består av 28 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), från paired-end-RNA-sekvensering (10X Visium spatial transcriptomics). Metadata är beskrivna i filen SND_metadata.xlsx. För validering av dataintegritet finns filen md5sum.txt. Datasetets totala storlek är ungefär 300 GB.
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Tillgänglighetsnivå:
Skapare/primärforskare:
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Transkriptomika data
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Bröstcancerprover samlades in vid Karolinska Universitetssjukhuset, Stockholm, Sverige från patienter med obehandlade invasiva duktala karcinom.
Studiedesign:
- Experimentell studie
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Proverna i detta arkiv är slumpmässiga patientprover som uppfyller våra urvalskriterier (dvs. stor tumörstorlek och behandlingsnaiva). Patienters prover samlades in från multipla regioner av samma tumör för att undersöka den intratumorala heterogeniteten.
Antal individer/objekt:
3
Dataformat/datastruktur:
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Befintliga från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
Stockholms medicinska biobank
Typ(er) av prov:
Tumör prover
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för onkologi-patologi
Etikprövning 1:
Etikprövningsmyndigheten - 2016/957-31
Etikprövning 2:
Etikprövningsmyndigheten - 2017/742-32
Etikprövning 3:
Etikprövningsmyndigheten - 2021-00795
Etikprövning 4:
Etikprövningsmyndigheten - 2022-05245-02
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Li, T., Yang, Q., Acs, B., Sifakis, E. G., Toosi, H., Engblom, C., Thrane, K., Lin, Q., Mold, J. E., Sun, W., Boyaci, C., Steen, S., Frisén, J., Lagergren, J., Lundeberg, J., Chen, X., & Hartman, J. (2025). Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data. In npj Precision Oncology (No. 310; Vol. 9, Issue 1). https://doi.org/10.1038/s41698-025-01104-3Öppnas i en ny tabb
