Computational pathology annotation enhances the resolution and interpretation of breast cancer spatial transcriptomics data

Proverna i datamängden är kopplade till en studie som fokuserar på att studera intratumoral heterogenitet i bröstcancer med användning av rumsliga transkriptomiska data och beräkningspatologi. Datauppsättningen innehåller 14 prover från 3 patienter (en trippelnegativ bröstcancer och två HER2-positiva bröstcancer). Flera regioner av tumören samlades in för analys. Varje prov är en tumörregion från en av patienterna. Bibliotek för rumslig transkriptomik framställdes med användning av Visium rumsliga genuttryckskit (10x genomik). Sekvensering utfördes med hjälp av Illumina NovaSeq 6000-plattformen vid National Genomics Infrastructure, SciLifeLab i Solna, Sverige. Datasetet består av 28 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), från paired-end-RNA-sekvensering (10X Visium spatial transcriptomics). Metadata är beskrivna i filen SND_metadata.xlsx. För validering av dataintegritet finns filen md5sum.txt. Datasetets totala storlek är ungefär 300 GB.