Gå direkt till huvudinnehåll
  • Detta är en förhandsvisning av en opublicerad katalogpost. Sidan är bara synlig för dig som har tillgång till länken. Länken är tillfällig och ska inte användas i publicerat material, till exempel i ett data availability statement. Eventuella data kan användas för granskning, men inte för vidare forskning. För att få tillgång till data med begränsad åtkomst, kontakta request@snd.seÖppnas i en ny tabb.

Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells

https://doi.org/10.48723/ya3w-an36
Datalagret är kopplat till en studie som undersöker röntgenbehandlingens inverkan på primära äggstocksceller (POC) som härrör från cortex (cPOC) och medulla (mPOC) under in vitro-odling. Totalt sekvenserades 50 prover som samlats in från 5 patienter och 5 grupper (dvs. kontroll_t1, kontroll_t24, bestrålad_t1, bestrålad_t4, bestrålad_t24) ingick i studien. RNA-extraktion utfördes med hjälp av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland) enligt tillverkarens anvisningar. Biblioteken framställdes med hjälp av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokollet (Illumina, USA) enligt tillverkarens anvisningar, med 10 ng RNA som ingångsdata. Datasetet innehåller 100 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en metadatafil i xlsx-format och md5sum-fil i txt-format. Datasetets totala storlek är ca 300 GB. Fastq-filer trimmades med TrimGalore (version 0.6.1) för att ta bort avläsningar av låg kvalitet före mappning. STAR aligner (version 2.7.11a) användes för att mappa de trimmade fastq-filerna till det mänskliga genomet hg38. bam-filerna justerades med hjälp av featureCount-funktionen i subread-paketet (version 2.0.3) och annoterades med hjälp av UCSC gtf-filen. Processade data finns deponerade i GEO (GSE291604).

Citering och åtkomst

Metod och utfall

Prover/material Nya från vetenskaplig samling/biobank

Geografisk täckning

Administrativ information

Finansiering

Ämnesområde och nyckelord

Relationer

Publikationer

Kontakt

Metadata

doriski