Cellulära immun-endofenotyper som separerar myastenia gravis med tidig och sen debut

Detta dataset består av single-cell-omics-filer från 16 individer med myastenia gravis i olika stadier av sjukdomen och med varierande debutålder. Proverna har analyserats 8+8 på ett 10X Genomics Chromium 3.0-system (https://www.10xgenomics.com/platforms/chromium) under två på varandra följande dagar och har sekvenserats i samma körning på ett NovaSeq-instrument (https://www.illumina.com/systems/sequencing-platforms/novaseq.html). För varje av de två experimentdagarna har datan först märkts med hash-taggar och därefter blandats. För att ytterligare komplicera det hela finns tre uppsättningar filer (= tre 10X-serienummer) för varje dag, där varje uppsättning innehåller celler som är en hashad blandning av alla åtta individer från den dagen. Vidare finns fyra olika typer av data tillgängliga för varje cell: RNA-sekvenser (GE), B-cellsreceptorsekvenser (ENRB), T-cellsreceptorsekvenser (ENRT) och RNA-märkta ytantikroppar för proteinbindning (HTO). Den sista delen innehåller ett set med 10 linjemarkör-antikroppar samt de så kallade "hashing"-antikropparna. Dessutom, med tanke på att varje filuppsättning består av fyra lanes, och varje lane har en fil per riktning, blir det totala antalet filer 6×4×4×2 = 192 filer. De två stora undergrupperna av myastenia gravis (MG), en autoimmun sjukdom mot den neuromuskulära övergången, som är förknippad med muskelsvaghet, är Early- och Late onset MG, definierade utifrån debut före eller efter 50 års ålder. Båda formerna har autoantikroppar mot acetylkolinreceptorn, men skiljer sig åt vad gäller könsfördelning, genetik och förekomst av sjukdomsspecifik inflammation i thymus. Genom att använda multimodala tekniker, inklusive djup spektral cytometrisk fenotypning och sekvensering på enkelcellsnivå av perifert blod och thymusceller, undersökte vi möjligheten att särskilja de två formerna genom cellulär immunfenotypning. Se den engelska texten för ytterligare information. Datasetet består av 192 filer i fastq-format, komprimerade med gzip, samt 42 filer i andra format (pdf, csv, docx och txt). Se dokumentationsfilerna Readme.txt och file_list.csv för mer information. Datasetets totala storlek är ca 450 GiB.