Longitudinell proteomik och enkelcells-transkriptomdata från P. falciparum-malaria-infekterade resenärer

Omfattande plasmaproteomik och riktad single‑cell multi‑omics genererades från en longitudinell kohort av återvändande resenärer behandlade för Plasmodium falciparum-malaria. Plasma och perifera mononukleära blodceller (PBMC) samlades in från symtomatiska patienter vid Karolinska Universitetssjukhuset efter informerat samtycke och följdes med upprepade provtagningar från akut sjukdom upp till ett år efter avslutad behandling i frånvaro av reinfektion. Plasmaproteinprofilering utfördes i samarbete med Human Protein Atlas med hjälp av nästa generations affinitetsproteomik baserad på Proximity Extension Assay med NGS‑avläsning (Olink Explore 1536). Proteinmängder rapporterades som Normalized Protein eXpression (NPX, log2‑skala) efter bryggnormalisering mellan batcher. Proteiner under detektionsgränsen i mer än 70 % av proverna exkluderades, vilket resulterade i ett slutligt dataset med 1 427 plasmaproteiner. För att identifiera potentiella cellulära källor och mål för cirkulerande proteiner utfördes riktad single‑cell multi‑omics‑profilering på PBMC från ett urval av donatorer med överlappande tidpunkter. Genuttryck av 399 immunrelaterade gener samt 29 cellyteproteiner analyserades med BD Rhapsody och AbSeq. Bibliotek sekvenserades på en NovaSeq 6000‑plattform och bearbetades med BD Targeted Analysis Pipeline, och nedströmsanalyser genomfördes i R med Seurat. Dessutom återanalyserades ett publikt tillgängligt scRNA‑seq‑dataset från en oberoende malariakohort för att validera och utvidga resultaten. Integrerade analyser av proteomik‑ och single‑cell‑data användes för att stratifiera patienter i undergrupper associerade med sjukdomens svårighetsgrad. Datasetet består av två datamodaliteter: Plasmaproteomik: Olink‑NPX‑värden för 132 prover över 1 427 proteiner PBMC single‑cell multi‑omics: riktade genuttrycks‑ och AbSeq‑proteindata från 12 prover Delar av plasmaproteomikdatan finns tillgängliga i aggregerad form via Human Protein Atlas (Disease Atlas). En interaktiv Shiny‑applikation åtföljer den tillhörande publikationen (Lautenbach et al., Immunity, 2025) och möjliggör utforskande dataanalys. Datasetet består av 2 filer: Del1: Plasma proteomics (Olink PEA with NGS readout - Explore 1536) Fil: Plasma_proteomics/Explore1536_tidy_long.rds (709 kB) Del 2: Targeted single-cell transcriptomics data (BD Rhapsody scRNA‑seq + AbSeq) - Seurat object Fil: MalariaTraveler_RhapsodyAbSeq_Cell_Calling_qc_cca_wnn_clustering_annotated_clean.rds (507.2 MB)