Gå direkt till huvudinnehåll
Researchdata.se

Longitudinell proteomik och enkelcells-transkriptomdata från P. falciparum-malaria-infekterade resenärer

https://doi.org/10.48723/cmgs-aj72
Omfattande plasmaproteomik och riktad single‑cell multi‑omics genererades från en longitudinell kohort av återvändande resenärer behandlade för Plasmodium falciparum-malaria. Plasma och perifera mononukleära blodceller (PBMC) samlades in från symtomatiska patienter vid Karolinska Universitetssjukhuset efter informerat samtycke och följdes med upprepade provtagningar från akut sjukdom upp till ett år efter avslutad behandling i frånvaro av reinfektion. Plasmaproteinprofilering utfördes i samarbete med Human Protein Atlas med hjälp av nästa generations affinitetsproteomik baserad på Proximity Extension Assay med NGS‑avläsning (Olink Explore 1536). Proteinmängder rapporterades som Normalized Protein eXpression (NPX, log2‑skala) efter bryggnormalisering mellan batcher. Proteiner under detektionsgränsen i mer än 70 % av proverna exkluderades, vilket resulterade i ett slutligt dataset med 1 427 plasmaproteiner. För att identifiera potentiella cellulära källor och mål för cirkulerande proteiner utfördes riktad single‑cell multi‑omics‑profilering på PBMC från ett urval av donatorer med överlappande tidpunkter. Genuttryck av 399 immunrelaterade gener samt 29 cellyteproteiner analyserades med BD Rhapsody och AbSeq. Bibliotek sekvenserades på en NovaSeq 6000‑plattform och bearbetades med BD Targeted Analysis Pipeline, och nedströmsanalyser genomfördes i R med Seurat. Dessutom återanalyserades ett publikt tillgängligt scRNA‑seq‑dataset från en oberoende malariakohort för att validera och utvidga resultaten. Integrerade analyser av proteomik‑ och single‑cell‑data användes för att stratifiera patienter i undergrupper associerade med sjukdomens svårighetsgrad. Datasetet består av två datamodaliteter: Plasmaproteomik: Olink‑NPX‑värden för 132 prover över 1 427 proteiner PBMC single‑cell multi‑omics: riktade genuttrycks‑ och AbSeq‑proteindata från 12 prover Delar av plasmaproteomikdatan finns tillgängliga i aggregerad form via Human Protein Atlas (Disease Atlas). En interaktiv Shiny‑applikation åtföljer den tillhörande publikationen (Lautenbach et al., Immunity, 2025) och möjliggör utforskande dataanalys. Datasetet består av 2 filer: Del1: Plasma proteomics (Olink PEA with NGS readout - Explore 1536) Fil: Plasma_proteomics/Explore1536_tidy_long.rds (709 kB) Del 2: Targeted single-cell transcriptomics data (BD Rhapsody scRNA‑seq + AbSeq) - Seurat object Fil: MalariaTraveler_RhapsodyAbSeq_Cell_Calling_qc_cca_wnn_clustering_annotated_clean.rds (507.2 MB)
Ladda ner dokumentation (1 filer / 6.34 KiB)

Dokumentationsfiler

Citering och åtkomst

Tillgänglighetsnivå:

Skapare/​primärforskare:

Forskningshuvudman:

Data innehåller personuppgifter:

Ja

Typ av personuppgifter:

Hälsodata

Kodnyckel existerar:

Ja

Data innehåller känsliga personuppgifter:

Ja

Citering:

Licens:

Språk:

Metod och utfall

Analysenhet:

Population:

Malaria Immunology Traveler Cohort är en pågående, prospektiv studie av vuxna som diagnostiserats med akut Plasmodium falciparum-malaria efter återkomst från resor till malariaendemiska områden. Deltagarna inkluderas vid diagnos och följs longitudinellt, med upprepade provtagningar från den akuta fasen och upp till ett år efter insjuknandet. I den aktuella analysen ingick 72 återvändande resenärer; denna grupp utgör en betydande del av den större, kontinuerligt växande kohorten.

Tidsdimension:

Studiedesign:

  • Kohortstudie: Prospektiv
  • Kohortstudie
  • Observationsstudie

Beskrivning av studiedesign:

Vuxna patienter diagnostiserade med akut Plasmodium falciparum-malaria vid Karolinska Universitetssjukhuset i Stockholm, Sverige, mellan 2011 och 2021 inkluderades i en prospektiv kohortstudie och följdes med upprepade provtagningar under ett år. Plasmaproteomik analyserades under den akuta sjukdomsfasen (Akut, n = 72) och, hos delpopulationer, cirka 10 dagar efter behandling (Dag 10, n = 27) samt 12 månader senare (Månad 12, n = 33). Riktad single‑cell‑transkriptomik utfördes på PBMC från fyra studiedeltagare (två primärinfekterade och två tidigare exponerade) vid samtliga tre tidpunkter (Akut, Dag 10, Månad 12).

Tidsperiod(er) som undersökts:

Antal individer/​objekt:

72

Dataformat/​datastruktur:

Prover/material Befintliga från vetenskaplig samling/biobank

Namn:

Stockholms medicinska biobank (biobank no. 914) - Provsamlingen "Immune activation in malaria and other infections” (Bbk2024)

Typ(er) av prov:

Perifert blod (blodplasma, perifera mononukleära blodceller (PBMC) och packade blodceller).

Datainsamling Mätningar och tester

Insamlingsmetod:

Mätningar och tester

Datakälla:

  • Biologiska prover

Geografisk täckning

Geografisk plats:

Administrativ information

Ansvarig institution/​enhet:

Institutionen för medicin, Solna

Etikprövning

Utförare:

  • Stockholms etikprövningsnämnd

Diarienummer:

2006/893-31/4, 2013/550-32, 2015/2200-32, 2016/1940/32, 2018/2354-32, 2019-03436, 2020-00859, 2020-04147, 2024-00374-02

Information om etikprövning:

The prospective studies were conducted at the Karolinska University Hospital in Stockholm, Sweden, with ethical approval from the Ethical Review Board in Stockholm and the Swedish Ethical Review Authority (Malaria immunology cohort: Dnr 2006/893-31/4, 2013/550-32, 2015/2200-32, 2016/1940/32, 2018/2354-32, 2019-03436, 2020-00859, 2020-04147, 2024-00374-02. All participants gave written informed consent.

Finansiering

Finansiär:

Referensnummer:

2024-06343_VR

Projektnamn på ansökan:

Behandling av malaria hos resenärer i en tid av ökande läkemedelsresistens

Information om finansiering:

Malaria är en allvarlig och potentiellt dödlig sjukdom. Den första linjens behandling är artemisinin-baserad kombinationsterapi (ACT). Nyligen har det rapporterats om oroande fall av resistens mot artemisinin och dess kombinationsläkemedel i Afrika söder om Sahara. I Sverige diagnosticeras årligen ca 150-200 fall av malaria. Resenärer som drabbas av malaria efter resor till malariadrabbade områden är särskilt känsliga för att utveckla allvarlig malaria då de saknar immunitet och en effektiv behandling är särskilt avgörande. För att förbättra behandlingen av malaria är det viktigt att förstå behandlingsresultaten och identifiera resistensmarkörer.Syftet med denna förberedande studie är att planera:1. En nationell studie för att utvärdera behandlingseffektiviteten hos alla malariapatienter i Sverige med ett ny standardiserad uppföljningsprotokoll för att upptäcka behandlingssvikt.2. En detaljerad studie på vuxna som behandlats för Plasmodium falciparum malaria, med mer detaljerad provtagning för att bedöma hur snabbt parasiterna försvinner efter insatt ACT behandling i relation till läkemedelskoncentrationer, immunförsvar och parasiternas genetiska egenskaper.Inom den förberedande studien kommer vi att utvärdera nuvarande praxis för diagnostik och behandling av malaria i Sverige. Vi kommer också att göra en retrospektiv granskning av behandlingsresultat sedan ACT introducerades och genomföra en pilotanalys av resistensmutationer i tillgängliga arkiverade prover.Projektet involverar experter inom infektionssjukdomar, pediatrik, mikrobiologi och farmakologi, och målet är att etablera ett nationellt nätverk som inkluderar alla behandlande kliniker i landet. Resultaten från detta projekt kommer att leda till förbättrad handläggning, behandling och övervakning av behandlingseffekt av malaria hos resenärer. Projektet kommer även kunna bidra med kunskap som kan informera behandlingsstrategier i malariadrabbade områden i Afrika och andra delar av världen.

Ämnesområde och nyckelord

Ämnesklassificering enligt CESSDA:

Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:

Nyckelord:

Relationer

Kompletteras av:

En Shiny-app för att utforska proteomikdatan från den relaterade studien (Lautenbach et al 2025).

Är ett komplement till:

GitHub‑förvar för analyskod kopplad till studien.

Publikationer

Citering:

Lautenbach, M. J., Wyss, K., Yman, V., Foroogh, F., Satarvandi, D., Mousavian, Z., Sondén, K., Wang, J., Alvez, M. B., Bergström, S., Nilsson, P., Edfors, F., Brodin, P., Uhlén, M., Sundling, C., & Färnert, A. (2025). Systems analysis of clinical malaria reveals proteomic perturbation and innate-adaptive crosstalk linked to disease severity. In Immunity. https://doi.org/10.1016/j.immuni.2025.06.014

SwePub:

oai:DiVA.org:kth-369057

Kontakt

Christopher Sundlingchristopher.sundling@ki.se

Metadata

Version 1
doris
ki
Version 1 publicerad:Metadata uppdaterade: