Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells
https://doi.org/10.48723/ya3w-an36
The data repository is connected to a study that investigates the impact of X-ray treatment on primary ovarian cells (POCs) derived from cortex (cPOCs) and medulla (mPOCs) during in vitro culture. In total 50 samples collected from 5 patients were sequenced and 5 groups (i.e.,control_t1, control_t24, irradiated_t1, irradiated_t4, irradiated_t24) were included in the study.
RNA extraction was performed using the RNeasy Micro Kit (Qiagen, Germany) following the manufacturer’s instructions. Libraries were prepared using the Illumina Stranded mRNA Prep Ligation protocol (Illumina, USA) according to the manufacturer’s instruction, with 10 ng of RNA used as input.
The dataset contains 100 fastq files from paired-end RNA sequencing, compressed with GNUzip (gzip). The dataset also contains one metadata file in xlsx format and one md5sum file in txt format. The total size of the dataset is approximately 300 GB.
Fastq files were trimmed using TrimGalore (version 0.6.1) to remove the low-quality reads before mapping. STAR aligner (version 2.7.11a) was used to map the trimmed fastq files to human genome hg38. The bam files were aligned using featureCount function in subread package (version 2.0.3) and annotated using UCSC gtf file. Processed data is deposited in GEO (GSE291604).
Files with open access (1)
Files with open access (1)
Citation and access
Citation and access
Access level:
Creator/Principal investigator(s):
Research principal:
Data contains personal data:
Yes
Type of personal data:
Transcriptomic data
Code key exists:
Yes
Sensitive personal data:
Yes
Citation:
Language:
Method and outcome
Method and outcome
Population:
The samples were obtained from patients undergoing elective abdominal surgery recruited from Karolinska University Hospital, Huddinge, Sweden.
Study design:
- Experimentell studie
Sampling procedure:
Description of sampling:
The samples were collected from random patients undergoing elective abdominal surgery and consent to give ovarian tissues to research.
Number of individuals/objects:
5
Data format/data structure:
Samples/material - Collected from scientific collection/biobank
Samples/material - Collected from scientific collection/biobank
Name:
KI biobank, collection "Miljökemikalier och kvinnlig fertilitet"
Type(s) of sample:
Ovarian tissue
Geographic coverage
Geographic coverage
Geographic location:
Administrative information
Administrative information
Responsible department/unit:
Department of Women's and Children's Health [K6]
Ethical Review
Ethical Review
Reviewer:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Registration number:
2015-798/31
Reviewer:
- Etikprövningsmyndigheten
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Registration number:
2024-08606-01
Funding
Funding
Funding agency:
- Vetenskapsrådet
Öppnar nytt fönster hos ror.org.
ROR
Award number:
2024-02530_VR
Award title:
Vanliga faktorer som bidrar till dåliga reproduktiva utfall, från misslyckad implantation till missfall
Funding information:
Moderskapet har en stor betydelse för många kvinnor, men ett av sex par drabbas av infertilitet, ett problem som orsakar stor stress för paren. Provrörsbefruktning (IVF), som är den vanligaste behandlingen, är fortfarande kostsam och ger blygsamma resultat. Dessutom leder 15% av alla graviditeter vilket är en särskilt hjärtskärande verklighet. Embryoimplantation och graviditetsprogression är beroende av synkroniserat samspel mellan ett genetiskt normalt (euploid) embryo och livmodern, tillsammans med gynnsam mikrobiota, dvs. livmoderns mikrobiella population. Även efter överföringen av det genetiskt testade euploida IVF-embryot till livmodern kan en maximal implantationsframgång på 50% uppnås, vilket kräver flera embryoöverföringar. Det faktum att implantationen misslyckas i hälften av embryoöverföringarna, tillsammans med förlusten av 15% av graviditeterna, understryker bidraget från fientlig endometriemiljö, försämrad kommunikation mellan embryo och moder och obalanserad livmodermikrobiota till kvinnors dåliga reproduktiva resultat. PODIUM-projektet antar ett övergripande tillvägagångssätt för att reda ut det komplicerade samspelet mellan endometrie-, embryonal- och mikrobiotafaktorer som ligger till grund för etiologin för implantationsmisslyckande och missfall. För att uppnå detta kommer vi att anta ett systembiologiskt tillvägagångssätt, baserat på vår specifika expertis i att genomföra integrerad multiomik- och mikrobiotaprofilering av endometrievävnad. Detta kommer att förstärkas genom att använda våra banbrytande in vitro-implantationsmodeller, som inkluderar embryoliknande blastoider och endometrieorganoider, för att fördjupa sig i de molekylära mekanismerna för implantation. Sammanfattningsvis ger PODIUM-forskningen ett betydande bidrag till det medicinska området, som ofta försummas av samhället, och banar väg för förbättrade diagnostiska förmågor och utveckling av personliga behandlingsstrategier för kvinnors dåliga reproduktiva resultat.
Topic and keywords
Topic and keywords
Swedish Standard Classification of Research Subjects 2025:
Relations
Relations
Relaterad resurs:
Publications
Publications
Citation:
Deligiannis, S., Li, T., Moussaud-Lamodière, E., Végvári, A., Damdimopoulos, A., Lavogina, D., Papaikonomou, K., Zubarev, R., Acharya, G., & Velthut-Meikas, A. (2026). Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells. In JOURNAL OF OVARIAN RESEARCH. https://doi.org/10.1186/s13048-025-01932-8
