Acute high-dose irradiation disrupts cell adhesion and Silk-Ovarioid formation in human primary ovarian cells

Datalagret är kopplat till en studie som undersöker röntgenbehandlingens inverkan på primära äggstocksceller (POC) som härrör från cortex (cPOC) och medulla (mPOC) under in vitro-odling. Totalt sekvenserades 50 prover som samlats in från 5 patienter och 5 grupper (dvs. kontroll_t1, kontroll_t24, bestrålad_t1, bestrålad_t4, bestrålad_t24) ingick i studien. RNA-extraktion utfördes med hjälp av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland) enligt tillverkarens anvisningar. Biblioteken framställdes med hjälp av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokollet (Illumina, USA) enligt tillverkarens anvisningar, med 10 ng RNA som ingångsdata. Datasetet innehåller 100 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en metadatafil i xlsx-format och md5sum-fil i txt-format. Datasetets totala storlek är ca 300 GB. Fastq-filer trimmades med TrimGalore (version 0.6.1) för att ta bort avläsningar av låg kvalitet före mappning. STAR aligner (version 2.7.11a) användes för att mappa de trimmade fastq-filerna till det mänskliga genomet hg38. bam-filerna justerades med hjälp av featureCount-funktionen i subread-paketet (version 2.0.3) och annoterades med hjälp av UCSC gtf-filen. Processade data finns deponerade i GEO (GSE291604).