Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture
https://doi.org/10.48723/hnvh-aq19
Det övergripande syftet med denna studie är att undersöka effekterna av in vitro-odling på mänsklig äggstocksvävnad och att optimera odlingssystemet för att studera kemikaliers reproduktionstoxicitet i laboratoriet.
Datasetet är kopplat till en studie som undersöker effekten av in vitro-odling på fragment av äggstockskortex. Totalt sekvenserades 5 prover (dvs. 3 prover i den färska gruppen och 2 prover i den odlade gruppen) som samlats in från 3 patienter i denna studie.
Äggstocksvävnaderna dissocierades till encellssuspension med hjälp av mekaniska och enzymatiska metoder och användes för bibliotekspreparering. Enkelcells-RNAseq-bibliotek förbereddes med hjälp av Chromium Next GEM Single Cell 3’ Reagent Kits v3.1 (10X genomics).
Datasetet innehåller 36 fastq-filer från paired-end RNA-sekvensering, komprimerade med GNUzip (gzip). Datasetet innehåller också en md5sum-fil i txt-format för att validera dataintegriteten. Datasetets totala storlek är ungefär 96 GB.
Filer med öppen tillgång (1)
Filer med öppen tillgång (1)
Citering och åtkomst
Citering och åtkomst
Åtkomstnivå:
Skapare/primärforskare:
- Sevastiani Antonouli – University of Thessaly
- Xinchen Liu – Karolinska Institutet - Department of Women's and Children's Health [K6]
- Catarina Arnelo – Karolinska University Hospital - Department of Gynaecology and Reproductive Medicine
- Karin Pettersson – Karolinska University Hospital - Department of Gynaecology and Reproductive Medicine
Forskningshuvudman:
Data innehåller personuppgifter:
Ja
Typ av personuppgifter:
Transkriptomiska data
Kodnyckel existerar:
Ja
Data innehåller känsliga personuppgifter:
Ja
Citering:
Språk:
Metod och utfall
Metod och utfall
Population:
Proverna togs från patienter som genomgår elektiv bukkirurgi rekryterade från Karolinska Universitetssjukhuset, Huddinge, Sverige.
Studiedesign:
- Experimental study
Urvalsmetod:
Beskrivning av urval:
Proverna samlades in från slumpmässigt vald patienter som genomgick planerad bukkirurgi och som samtyckte till att lämna äggstocksvävnad till forskning.
Antal individer/objekt:
3
Dataformat/datastruktur:
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Prover/material - Nya från vetenskaplig samling/biobank
Namn:
KI biobank, collection "Miljökemikalier och kvinnlig fertilitet"
Typ(er) av prov:
Ovarialvävnad
Datainsamling
Datainsamling
Tidsperiod(er) för datainsamling:
2020 - 2024
Instrument
Instrument
Namn:
10x Chromium Controller
Geografisk täckning
Geografisk täckning
Geografisk plats:
Administrativ information
Administrativ information
Ansvarig institution/enhet:
Institutionen för kvinnors och barns hälsa
Etikprövning
Etikprövning
Utförare:
- Swedish Ethical Review Authority
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2015-798/31
Utförare:
- Swedish Ethical Review Authority
components.catalogue.resource.content.administrativeInformation.ethicalReview.rorId.srText
ROR
Diarienummer:
2021-04563
Ämnesområde och nyckelord
Ämnesområde och nyckelord
Standard för svensk indelning av forskningsämnen 2025:
Nyckelord:
Publikationer
Publikationer
Citering:
Li, T., Wehrli, L., Antonouli, S., Panagiotou, E.M., Deligiannis, S.P., Liu, X., Hassan, J., Moussaud-Lamodière, E., Arnelo, C., Pettersson, K., Papaikonomou, K., Salumets, A., Damdimopoulou, P., Nisio, V.D., 2026. Hypoxia enhances follicle survival and ameliorates markers of metabolic function in human ovarian cortical tissue culture. Reproductive BioMedicine Online 105918. https://doi.org/10.1016/j.rbmo.2026.105918
Metadata
Metadata
Version 1
