Silk-Ovarioids: Establishment and characterization of human ovarian primary cells 3D-model system

Proverna i datamängden är kopplade till en studie med fokus på etablering av en långsiktigt stabil tredimensionell (3D) modell av mänskliga primära ovarieceller för toxikologisk forskning. Dessa prover samlas in från patienter som genomgår elektiv bukkirurgi. Cortex och medulla separerades och dissocierades till encellssuspension med hjälp av mekaniska och enzymatiska metoder, följt av odling i 2D- och 3D-system. Totalt ingår 75 prover i datasetet (36 prover från cortex och 39 från medulla). Bland dessa prover användes 29 vävnadsprover som referens i jämförelsen av 2D-kultur vs vävnad och 3D-kultur vs vävnad. 16 prover från 2D-kultur användes som referens i jämförelsen av 3D vs 2D. De övriga 30 proverna var från 3D-kultur (Silk-Ovarioid). RNA-extraktion av vävnader och 2D-odlade celler utfördes med användning av RNeasy Mini Kit (Qiagen, Tyskland). Totalt RNA från Silk-Ovarioids-prover extraherades med användning av RNeasy Micro Kit (Qiagen, Tyskland). Endast prover med RIN-värden > 9 användes för biblioteksberedning. Bibliotek bereddes med användning av Illumina Stranded mRNA Prep Ligation-protokoll (Illumina, USA) med användning av 10 ng RNA som input. Poolade bibliotek sekvenserades på Illumina NovaSeq 6000-plattformen. Fastq-filer kartlades till humant genom GRCh38 med hjälp av STAR (version 2.7.10b). subread-paketet (version 2.0.1) användes för att justera bam-filerna med featureCount-funktionen. Efter import av rådatamatrisen till Rstudio kollapsades tekniska replikat med hjälp av DESeq2 collapseReplicates-funktionen. GRCh38 (Homo_sapiens.GRCh38.108.chr.gtf) användes för kartläggning och inriktning. Datasetet består av 150 filer i fastq-format, komprimerade med GNUzip (gzip), en fil i txt-format och en fil i xlsx-format. Datasetets totala storlek är ungefär 400 GB.